Los Inicios (1989-1994)
En 1989, José Bonilla, Iñigo Ortuzar y un grupo de jóvenes gernikeses organizaron el primer duatlón de Gernika, entonces conocido como biatlón. El 19 de marzo se disputó la primera carrera con 200 participantes (198 hombres y 2 mujeres). En 1990, la prueba se celebró el 11 de marzo con 220 duatletas. En 1991 no se celebró, pero volvió en 1992, el 29 de marzo, con 225 participantes. En 1993, Gernika se dio a conocer internacionalmente gracias a la participación de figuras como Spencer Smith, campeón europeo y mundial, acompañado de la selección británica. Smith ganó la carrera, seguido de un cántabro que logró colarse entre los ingleses. En la categoría femenina, Dina Bilbao dominó la prueba. 1994 fue la antesala de la entrada de Gernika en el Grand Prix (1995 y 1996), con la victoria del inglés Ian Hamilton sobre su compatriota Craig Ball, y un memorable tercer puesto del exciclista profesional Javier Mauleón. En esta edición participaron hasta 6 ciclistas profesionales. En categoría femenina, Toñi Sánchez demostró su superioridad.
Gernika en el Grand Prix (1995-1996)
1995 fue el año de la consagración mundial con la inclusión en el Grand Prix. El alemán Oliver Schotte, favorito en categoría masculina, terminó sexto en una carrera ganada por el francés Emmanuel Faucher. En categoría femenina, la favorita Fiona Lothian (Escocia) fue superada por la austriaca Erika Konig. En 1996, Gernika albergó la final del Grand Prix. Jonathan Hall, muy querido en Gernika, logró su primera victoria. El cántabro Félix Martínez fue segundo y el danés Jan Hansen, tercero. En categoría femenina, la canadiense Lucy Smith, subcampeona mundial en Ferrara (Italia), se impuso a la danesa Marie Overbye y a la austriaca Erika Konig.
El Mundial de 1997
En 1997, Gernika celebró el Campeonato Mundial de Duatlón con 1100 duatletas inscritos y 4 días dedicados al evento. El tiempo no acompañó el primer día. Jonathan Hall ganó en categoría masculina, seguido de los franceses Yann Dillon y Nicolas Lebrun. Aún se recuerda la demostración del australiano en la subida a Nabarniz. En categoría femenina, la holandesa Hirma Heeren venció a la australiana Michelle Dillon y a la española Virginia Berasategui, otra deportista muy querida en Gernika.
El Retorno y el Memorial Paul Seco (2004-2008)
Tras siete años de ausencia, el duatlón regresó en 2004 gracias al Urdaibai Triatloi Taldea, liderado por César Ramos. Jonathan Hall volvió a ganar en categoría masculina y María Gallastegui en femenina. En 2005, la prueba se convirtió en el Memorial Paul Seco, en honor al deportista fallecido en accidente de moto. Bajo la lluvia, Mikel Monasterio, del equipo Kebi, ganó seguido de Jonathan Hall y Javi García. Virginia Berasategui se impuso en categoría femenina tras la retirada de Ana Burgos por las condiciones climáticas. En 2006, con 400 inscritos y 197 en lista de espera, el duatlón recuperó su prestigio. Javier García ganó en categoría masculina, seguido de Félix Martínez y Sergio Rodríguez. El francés Laurent Galinier se retiró por una avería. En categoría femenina, Ainhoa Murua ganó seguida de Inmaculada Pereiro y Eva Ledesma. 2007 vio la participación de figuras como Iván Raña, Javier Gómez Noya, Félix Martínez, Javier García, Lino Barruncho y Vendula Frintova. Gómez Noya ganó con un impresionante último parcial, seguido de Félix Martínez, Javier García y Lino Barruncho. En categoría femenina, Vendula Frintova superó a Ana Casares en el último parcial. En 2008, Gernika volvió a reunir a la élite mundial con figuras como Sergio Silva, Lino Barruncho, Rob Woestemborchs, Jurgen Dereere, Raf Baugh, Nicolas Capoferry, Laurent Galinier, Javi García, Santi Arnes, Roger Roca, Félix Martínez, Nereo del Nero, Mikel Elgezabal, Vendula Frintova, Alexandra Louison, Radka Vodickova, Virginia Berasategui y Elena García. Sergio Silva ganó en un emocionante final, superando a Nicolas Capoferry. Roger Roca completó el podio. En categoría femenina, Vendula Frintova volvió a imponerse, seguida de Alexandra Louison y Radka Vodickova.