Revuelta en Flandes
La rebelión en Flandes se desarrolló en tres fases:
Etapa del Duque de Alba
Representada por el gobierno del Duque de Alba, sustituto de Margarita. La rebelión se extendió por Flandes, Holanda y Frisia. La dura actuación de los rebeldes y los excesos de los calvinistas provocaron la sublevación de la población. El Duque de Alba estableció el Tribunal de los Tumultos y sustituyó a la nobleza flamenca por la castellana. Ordenó la ejecución del Duque de Egmont y el Duque de Orn, transformando el conflicto en una revuelta abierta contra Felipe II. Los flamencos recibieron apoyo de estados protestantes y corsarios. A inicios de los 70, la rebelión se extendió por el norte de Flandes. El Príncipe de Orange y Nassau invadieron el territorio flamenco. La represión contra los católicos alcanzó su punto álgido en la Noche de San Bartolomé.
Gobierno de Luis de Requesens
Felipe II nombró a Luis de Requesens gobernador de Flandes, buscando la pacificación. Otorgó un perdón en 1574, prometió reducir los impuestos e inició negociaciones. La muerte de Requesens y el motín de los ejércitos españoles, que saquearon Amberes, resultaron en la Pacificación de Gante en 1576. Esta exigía la salida de las tropas hispánicas y la libertad de culto.
Don Juan de Austria y Alejandro Farnesio
Don Juan de Austria fue enviado a Flandes para buscar la reconciliación. Aceptó la Pacificación de Gante y retiró las tropas. Alejandro Farnesio lo sustituyó, iniciando la última etapa. Con nuevos ejércitos, recuperó gran parte del territorio. En 1588, solo Holanda y Zelanda resistían. Felipe II ordenó detener la guerra para concentrarse en Inglaterra. Mauricio de Nassau lideró la reconquista de territorios. Flandes fue cedido a Isabel Clara Eugenia y el Archiduque Alberto. En 1609, Felipe III firmó la Tregua de los 12 años.