La primera guerra de Cuba concluyó con la firma de la Paz de Zanjón en 1878.
Sin embargo, la insurrección siguió latente por las aspiraciones de la población criolla y los intereses de Estados Unidos, que controlaban casi la mitad de las exportaciones de la isla. En 1893, Antonio Maura, ministro de Ultramar, propuso la autonomía de Cuba. Puerto Rico y Filipinas, pero fue muy criticado por la minoría españolista de las Antillas y por buena parte de los políticos y medios de comunicación de la metrópoli.

En 1895, tras el grito del Baire (pronunciamiento independista realizado por los hermanos Mariano y Alfredo lora en el pueblo cubano de Baire el 24 de Febrero de 1895. Es considerado el punto de partida de la segunda guerra), estalló de nuevo la insurrección en Cuba, dirigida por José Martí, máximo Gómez y Antonio Maceo. Al año siguiente se inició la lucha por la independencia en Filipinas, encabezada por Emilio Aguinaldo y José Rizal.
Este, convertido en héroe nacional, fue hecho prisionero y ejecutado en 1896 por orden del gobernador español del archipiélago.

Aunque al principio, la guerra de Cuba se limitó al enfrentamiento entre las tropas españolas y la guerrilla independista, la injerencia estadounidense fue en aumento y su prensa creó un estado de opinión que, bajo la excusa de traer la libertad a la isla, escondía intereses imperialistas.

El Gobierno español quiso acabar a toda costa con el problema cubano. Primero envió a la isla a un negociador, el general Arsenio Martínez Campos, que fracasó. Después, al enérgico general Valeriano Weyler que, con numerosos soldados y recursos, práctico una fuente y cruel represión que tampoco logró apaciguar el conflicto e incluso incremento la resistencia de los rebeldes cubanos.

Tras el asesinato de Cánovas, Sagasta modificó la política seguida en Cuba. Destituyó al general Weyler y volvíó la autonomía, pero los resultados fueron estériles. Los cubanos cada vez más apoyados por los Estados Unidos, reclamaban la independencia.

El Gobierno de Washington ofrecíó comprar Cuba por 300 millones de dólares, propuesta que España rechazó. En Febrero de 1898 se produjo la explosión de Maine, acorazado norteamericano fondeado en la Habana. Estados Unidos culpó a España del hecho, y  aunque, el gobierno de Sagasta propuso una comisión para investigarlo, el incidente se convirtió en la excusa anhelada por Washington para declarar la guerra a España.

Las escuadras norteamericanas, con navíos acorazados y superioridad en armamento, destruyeron a las españolas en Cavite (Filipina) y en Santiago de Cuba.

La guerra entre España y Estados Unidos concluyó con la derrota española. A finales de 1898 se firmó la Paz de París por la que España perdíó sus posesiones ultramarinas en América y el Pacífico. Se produjo la independencia de Cuba como nacíón tutelada, sin embargo, Estados Unidos, que recibíó Puerto Rico, Filipinas y la isla de Guam en el archipiélago de las Marianas. Poco después se vendieron a Alemania los archipiélagos de las Carolinas y las Marianas. En Junio de 1899, un grupo de soldados españoles que, desconocedores del fin de la guerra, se resistieron a la rendición. Con ellos desaparecían los restos del viejo Imperio colonial.

La derrota y la pérdida de las colonias provocaron numerosas consecuencias:

• Desde el punto de vista político supuso una reflexión para los grupos dirigentes, que intentaron modificar sus comportamientos y propusieron medidas para adecuar al país a la realidad que la derrota había puesto al descubierto.
• En el ámbito militar se puso de manifiesto la incapacidad de un Ejército volcado hacia los problemas internos, pero inadecuado para hacerse respetar en el exterior en un momento de plena expansión imperialista por parte de las grandes potencias. Otro problema era el excesivo número de mandos y una tropa reclutada por el injusto sistema de quintas.
  En el primer conflicto, Santiago Ramón y Cajal, participó en el primer conflicto como oficial médico, fue que las bajas de enfermedad superaron a las de los campos de combate.
• En el terreno económico, la pérdida de las colonias supuso la desaparición del mayor mercado de las manufacturas españolas y de las importaciones que desde allí llegaban. No obstante, supuso la repatriación de una gran cantidad de capitales españoles invertidos en las colonias, que sirvieron para dinamizar la economía en los años posteriores.
• El movimiento de regeneraciones tuvo como punto de partida el desastre del 98. Algunos intelectuales quisieron tomar el pulso a la patria. Empezaron a soñar con una España más digna, más cercana a Europa y más adecuada a su tiempo aunque sin perder sus peculiaridades.
• La Generación del 98, formada por escritores de la época, reflexiónó críticamente sobre la realidad española. Se hablo de europeización y de un nuevo compromiso intelectual. La integraron entre otros Miguel de Unamuno, Pío Baroja, Azorín y Antonio Machado.