El rey en previsión del nacimiento de una niña publicó en 1830 una Pragmática Sanción que eliminaba la Ley Sálica, según la cual las mujeres no podían reinar. El conflicto quedó abierto con el nacimiento de la princesa Isabel y la muerte de Fernando VII en 1833, quedando la reina María Cristina ejerciendo la regencia mientras Isabel fuera menor de edad.

Don Carlos María Isidro, hermano del rey, consideró que la medida era ilegal y atentaba contra sus derechos al trono. En torno a él se agruparon los absolutistas y partidarios del mantenimiento del Antiguo Régimen (conocidos como apostólicos, realistas o carlistas). La reina María Cristina busca el apoyo de los absolutistas más moderados a favor de la sucesión de su hija, inclínándose cada vez más hacia los liberales. Tanto es así que promulgó una amplia amnistía que permitiría el regreso a España de los liberales tan largo tiempo exiliados.

A principios de Octubre de 1833, dos días después de la muerte de Fernando VII, don
Carlos exigíó desde Portugal (a donde había sido desterrado) sus derechos dinásticos (Manifiesto de Abrantes). Dos días después fue proclamado rey en diversas ciudades de España, entre ellas Bilbao, mientras surgían partidas carlistas por todo el país.

El carlismo no fue simplemente un movimiento de reivindicación dinástica. Tuvo desde el principio un fuerte contenido ideológico y de clase. En el bando carlista están los absolutistas más intransigentes y una parte de la nobleza y miembros ultraconservadores de la administración y del ejército. A ellos se uníó la mayor parte del bajo clero, especialmente el regular, que veía en don Carlos una garantía para evitar la pérdida de la influencia de la Iglesia. También le apoyó una parte del campesinado, reacio a cualquier sistema fiscal reformado y bajo la influencia ideológica de los curas rurales. Territorialmente, el carlismo triunfó sobre todo en las zonas rurales, y especialmente en el Norte, en el País Vasco, Cataluña y el Maestrazgo Aragónés y valenciano. Una de las razones de ese arraigo fue la defensa de los fueros, es decir, de los privilegios que la población vasca y Navarra habían mantenido desde la Edad Media, consistente básicamente, en la exención fiscal y de servicio militar, así como en un derecho civil con algunas diferencias respecto al resto de Castilla. El mismo motivo tenían los aragoneses y catalanes que esperaban recuperar sus propias leyes y privilegios perdidos por los Decretos de Nueva Planta.

La primera guerra carlista transcurríó entre 1833 y 1839. En ella, el bando “cristino” tuvo el respaldo de los sectores moderados del absolutismo y de los liberales que veían en él la única posibilidad de transformar el país. También tuvo el apoyo de la mayor parte de los generales y del ejército, funcionarios y altas jerarquías de la Iglesia. Se sumaron también a este bando la burguésía de negocios, los intelectuales, profesionales y las clases medias urbanas.

Los inicios de la guerra fueron favorables a los carlistas, que derrotaron a las tropas del gobierno repetidas veces, gracias a su movilidad y conocimiento del terreno. Pero en 1835 fracasaron en el sitio de Bilbao, donde murió el general
Zumalacárregui y para intentar romper su aislamiento intentaron varias expediciones hacia el sur pero no encontraron respaldo entre la población. Desde entonces pasaron a la defensiva y el agotamiento llevó al general Maroto a iniciar las negociaciones con el general cristino Espartero, que terminaron en 1839 con el llamado abrazo de Vergara. A cambio de su rendición se reconocieron los grados y empleos de los vencidos. Un núcleo carlista, dirigido por el general Cabrera, resistíó hasta la toma de Morella por las tropas de Espartero en 1840.

El país había soportado seis años de una guerra extremadamente cruenta, con decenas de miles de muertos, tanto militares como civiles, y que dejo, sobre todo en el Norte, destrucción, hundimiento económico y un importante arraigo ideológico que propició la permanencia del carlismo.

El acuerdo de Vergara no terminó con el carlismo. Don Carlos se exilió y a su muerte transmitíó sus derechos a su hijo Carlos VI, iniciándose así una dinastía paralela que mantuvo viva la reivindicación. En 1846 se intentó pactar la boda del nuevo pretendiente con Isabel II. Pero el fracaso en la negociación y el posterior anuncio de la boda real llevó a los carlistas a iniciar la segunda guerra, 1846 y 1849. Se inició con la incursión de varias partidas en el Pirineo catalán, que consiguieron mantener en jaque al ejército gubernamental pese a contar con una superioridad militar muy clara. Pero los carlistas fracasaron en su intento de extender la sublevación más allá de Cataluña, por lo que finalmente fueron vencidos.

Durante varias décadas el carlismo permanecíó inactivo sin que perdiera su base social en las tierras del norte. En 1872, con la venida a España de Amadeo de Saboyá, el nuevo pretendiente Carlos VII, volvíó a levantar a sus partidarios iniciándose la tercera guerra. Esta vez los carlistas consiguieron arraigar en el País Vasco y Navarra, estableciendo su capital en Estella, pero sin conseguir tampoco conquistar ninguna de las capitales. A partir de 1875, con la Restauración de la monarquía en la persona de Alfonso XII, las tropas gubernamentales pasaron a la ofensiva y consiguieron derrotar, definitivamente, a los carlistas. Meses después, el gobierno abolía los fueros de Navarra y las provincias vascas.En el Siglo XX, el carlismo aún tendría cierto protagonismo, desde posiciones de ultraderecha, en la sublevación militar de 1936, que dio comienzo a la Guerra Civil.