Estas posturas ideológicas opuestas darían pie a las guerras carlistas. Estas se desarrollaron en su mayoría en el País Vasco debido al amplio número de carlistas que no querían perder sus fueros. Por esto se dieron a lo largo del siglo tres Guerras Carlistas.
La primera (1833-1840) bajo el pretexto de sucesión. Se dio en su mayoría en el País Vasco en forma de guerrillas que pillaban por sorpresa a las tropas liberales. Puede dividirse en tres fases; en la primera los carlistas derrotaron en varias ocasiones al bando liberal bajo el mando de Tomás Zumalacárregui  Don Carlos ordenó el asedio de Bilbao y allí murió el general. La segunda fase fue el momento más crítico para el bando liberal, los carlistas lanzaron expediciones llegando hasta Cádiz, asediaron Madrid, pero Espartero los derrotó al tratar de volver a Bilbao. La última fase se basa en la resistencia carlista y las negociaciones de paz entre Espartero y el general Maroto que culminaron en 1834 en el llamado Abrazo de Bergara. Un pacto en el que ambos reconocen un resultado de tablas La segunda Guerra Carlista (1846-1849) tuvo menor importancia, se trató de una guerra de guerrillas en territorio catalán cuyo final dio como resultado el refuerzo del sistema liberal.La última de las Guerras Carlistas, la tercera, comenzó en 1872, después de que Isabel II se exiliara y llegara como rey a Amando I de Saboyá en las Cortes provocó que este grupo se levantara en armas de nuevo. Luchando contra los ejércitos de Amadeo, de la Primera República después y por último de los de Alfonso XII, el partido carlista se presentó a las elecciones en 1872 pero fracasó, en la guerra, en cambio, consiguió numerosos éxitos, lucharon en el territorio del norte del Ebro y llegaron a crear su propio estado independiente con capital en Estella. Pero tras un nuevo fracasado asedio a Bilbao y la restauración borbónica en 1874, la situación empeoró mucho, muchos de los apoyos que se le habían unido tras la Revolución del 68 volvieron con Alfonso XII. Varios jefes carlistas abandonaron la lucha y en Febrero de 1876 fueron conquistados de nuevo todos los dando por finalizada la Guerra Civil y el proceso de abolición foral, ya que tras la derrota de los carlistas el Rey Alfonso XII publicó el 21 de Julio del mismo año la ley con la que suprimíó de una vez por todas los Fueros
Vascos.

El régimen foral vasco era distinto en cada provincia y sus carácterísticas principales eran la soberanía compartida, el pase foral, libertad comercial, hidalguía universal en Vizcaya y Guipúzcoa, un régimen fiscal propio  la exención del servicio militar. El proceso de abolición foral está marcado por las distintas etapas constitucionales y políticas, incluyendo las Guerras Carlistas. Su comienzo se remonta a la Constitución de Bayona (1808), que prometía revisar en un futuro el régimen foral pero no llegó a aplicarse, la Pepa, en cambio no confirma ni deroga los fueros. Durante el Trienio Liberal (1820-23) las Diputaciones Provinciales sustituyeron las forales aunque estas volvieron a instaurarse en la década ominosa, con la vuelta al Antiguo Régimen. Los fueros comenzaron a estar realmente amenazados en la revolución liberal, a la muerte de Fernando VII, por lo que se desató la primera Guerra Carlista  en defensa de éstos. El 25 de Octubre de 1839 fue promulgada una ley que confirmaba los fueros siempre que no contravinieran la constitución. Estando Espartero en el poder liquidó los fueros Navarros llegando a un acuerdo con ellos en la ley Paccionada de 1841.  En las provincias Vascas en cambio optó por abolirlos mediante el Decreto del 29 de Octubre de 1841. Cuando Espartero perdíó el poder, en la década moderada restablecieron parte de los fueros. Quedarían las Diputaciones Provinciales pero con reducidas competencias. Después tras ña Real Orden del 6 de Marzo de 1849 las tres provincias se configuraron como marcos administrativos autónomos. Finalmente durante la última etapa foral las Vascongadas siguieron una evolución contradictoria. Desaparecíó el pase Foral, pero se amplió la autonomía administrativa y económica. Cuando llegó el Sistema Canovista y el Rey Alfonso XII se abolieron por completo con la ley del 21 de Julio de 1876. Al principio las Juntas y Diputaciones vascas se negaron pero más tarde la aceptaron y integraron una Diputación Provincial provisional. Después el 28 de Febrero de 1878 se promulgó el decreto que establecía un nuevo régimen político-administrativo, el de los Conciertos Económicos. Esto otorgaba a las Diputaciones la facultad de cobrar los impuestos que creyeran oportunos y después negociar con el Estado Central el cupo que le entregaría, lo que provocó que el dinero entregado fuera menos que el que donaban el resto de provincias, y esto unido al arranque de la industrialización permitíó a las Diputaciones Vascas la intervención en campos y competencias fuera del alcance del resto. El hecho de cobrar impuestos por los productos de primera necesidad produjo un mayor empobrecimiento de las clases bajas. Las quejas por recuperar el Antiguo Régimen Foral se limitaron a los grupos carlistas pues los sectores oligárquicos apoyaron a los partidos dinásticos, conservador y liberal, siendo su único desacuerdo la necesidad de establecer un sistema fuertemente proteccionista que lograron en 1891.El Concierto Económico estuvo vigente hasta 1937 en Vizcaya y Guipúzcoa ya que lo eliminaron por apoyar la causa republicana durante la Guerra Civil. Álava y Navarra lo mantuvieron por su apoyo a la causa franquista. Finalmente se volvíó a restaurar en 1980, con la puesta en marcha de un régimen democrático en España. La abolición del antiguo régimen foral vasco finalizó con este acuerdo pero todo ello a cambio de la pérdida de poder político.