La estructura de gobierno de la Monarquía Hispánica durante la Edad Moderna) se define como polisinodial, es decir, con multiplicidad de Consejos,
El concepto proviene del Consilium o Curia Regis, reunión de notables (nobles) que aconsejaban la toma de decisiones políticas a los monarcas altomedievales en cumplimiento del deber vasallático. Estos Consejos se fueron cristalizando a los largo de la Edad Media, si bien fue en la época de los Reyes Católicos cuando adquirieron la forma que, con ligeras transformaciones, sería la aplicada por los Austrias.
La complejidad de la Monarquía Hispánica (que supuso una unión dinástica, pero en ningún caso administrativa) provocó que tanto en la Corona de Aragón como en la de Castilla aparecieran múltiples consejos, que heredados por la Casa de Habsburgo, fueron ampliados llegando, a su máxima expansión y, por ende, a su mayor grado de ineficacia.
El funcionamiento de estos consejos parte del principio que es el Rey (el garante del Poder Real) el que toma las decisiones, y compete a los Consejos presentar los problemas o asuntos que aparecen en diversas áreas para continuación indicar soluciones o actuaciones que llevaran una resolución positiva de la cuestión, por lo que no se puede decir que dichos Consejos tuvieran capacidad ejecutiva, puesto que era el Rey quién ejercía la soberanía de manera directa. Este sistema ralentizaba mucho la burocracia española, ya que el Soberano tenía que abordar muchas decisiones a la vez, que no siempre se alcanzaban a la primera y devolvía el tema al Consejo.
Los Consejos, una vez cristalizada y desarrollada su evolución, se estructuraron en dos grandes bloques: los Consejos territoriales, que representaban la estructura institucional y constituciones de los diversos reinos, y los Consejos temáticos o de materias, cuya especialización estaba plenamente definida en función de la naturaleza de los mismos.
Los Consejo Territoriales
Consejo de Castilla
Heredero del Consejo Real (la institución medieval que aconsejaba las decisiones políticas a tomar por el rey), con la ampliación territorial de los Reyes Católicos y la multiplicación del número de los Consejos territoriales y temáticos, el Consejo de Castilla pasó a especializarse en el gobierno interior de los reinos de la Corona de Castilla.
Consejo de Aragón
También heredero de los consejos medievales de cada uno de los territorios que la conforman, tiene como ámbito de actuación territorial Aragón, Cataluña, Valencia, Mallorca, Nápoles, Sicilia y Cerdeña. Sus funciones son las consultas sobre conflictos de jurisprudencia entre la corona y los fueros. Está compuesto por un vicecanciller (presidente), un tesorero general, nueve consejeros y un notario. En tiempos de Felipe II se desgajará el Consejo de Italia.
Consejo de Italia: Surge ya con Felipe II. Se encarga de la justicia de la hacienda, del nombramiento de cargos y de los virreyes en las antiguas posesiones italianas de la Corona de Aragón (Nápoles, Sicilia y Cerdeña) y el ducado de Milán. Está formado por un presidente y 6 regentes: dos por el reino de Nápoles, dos por Sicilia y dos por Milán. Cada territorio poseía un regente español y otro italiano.
Consejo de Portugal
Se encarga de la administración de justicia, designación de cargos eclesiásticos y del nombramiento de oficiales en el reino de Portugal. Fue creado tras la anexión en el reinado de Felipe II (1580) y desapareció tras recuperar su independencia bajo Felipe IV (1640) Estaba formado por un presidente y un número variable de consejeros, todos ellos portugueses.
Consejo de Flandes
Tiene como función el nombramiento de cargos, la administración de justicia y de hacienda en Flandes y Borgoña. Para ello cuenta con un presidente y un número variable de consejeros. Tuvo que hacer frente a decisiones ligadas a la Guerra en Flandes (1568-1648) y al mantenimiento del Camino Español (que conectaba Flandes con Nápoles a través de Milán y Borgoña). Desaparecerá con la cesión de estos territorios a la rama vienesa de los Habsburgo en el Tratado de Utrecht (1713).
Consejo de Indias
Creado en 1524 , tiene como ámbito de actuación territorial el Nuevo Mundo, se ocupa de supervisar la Casa de Contratación de Sevilla, de proponer cargos, de la justicia y del tráfico marítimo (incluido su protección mediante el mantenimiento de fuertes o la organización de grandes flotas -Sistema de Flotas-). Está compuesto por un presidente, un gran canciller, doce consejeros, un cronista oficial de Indias, un cosmógrafo, un representante de la casa de contratación y 4 oficiales.
Los Consejo Temáticos
Consejo de Inquisición
Cuya jurisdicción se extendía al conjunto de la Monarquía Hispánica. Tiene como objetivo velar por la pureza del catolicismo, luchar contra las herejías, y controlar a los cristianos nuevos: los judeo-conversos y los moriscos. Está compuesto por un presidente (el inquisidor general) y seis consejeros (los inquisidores apostólicos).
Consejo de Cruzada
Creado en 1525, se encarga de administrar las bulas y los subsidios pontificios para la lucha contra los Turcos, debido a la amenaza que suponía el imperio Turco para el Mediterráneo y la Europa Oriental.
Consejo de Órdenes
Teniendo al rey como Maestre de las Órdenes Militares desde la figura de Fernando el Católico, tiene como función la administración de la justicia para los caballeros de las órdenes, así como la designación de los mismos.
Consejo de Hacienda
Tiene como objetivo recaudar impuestos (que no hacía de manera directa sino a través de los encabezamientos, arrendamientos y administración de la exención a particulares o instituciones), administrarlos y velar para que la Monarquía tuviera liquidez. También se encargaba de gestionar la deuda de la Monarquía con los grandes banqueros como los Welzer y los Függer. Este consejo para ello dispone de cuatro tribunales: el consejo de hacienda, el tribunal de Millones (a partir del Servicio de 8 Millones de ducados de 1590), el tribunal de oidores y la contaduría mayor de cuentas.
Fuera de esta distribución podemos encontrar dos consejos más formados por miembros designados por el monarca o por consejeros de diversas áreas:
Consejo de Cámara
En él participan los consejeros requeridos por el monarca. Se ocupan de convocar Cortes, en las que el presidente y los consejeros participaban en calidad de asistentes, pero les competía verificar los poderes de los procuradores (representantes de las ciudades en la Cortes).
Consejo de Guerra
No es un consejo plenamente constituido, ya que lo integraban los consejeros de estado convocados por el monarca, a los que había que añadir altos mandos militares o expertos en el tema en cuestión.
Este sistema empezó a demostrar su ineficacia por la gran dependencia del Rey, lo que facilitó que aparecieran personajes que le liberaran de la gestión de los asuntos de gobierno, priorizando aquellos sobre los cuales tenía que decidir el Monarca. Así apareció la figura del valido, que apoyándose en su cercanía con el soberano, actuaba como un primer ministro. Su falta de legitimidad le restó capacidad, pero marcó una tendencia que se culminará con los Borbones. Otro elemento que determina la incapacidad de los Consejos es que no consiguieron integrar a los territorios de la Monarquía. Idiomas, leyes, costumbres y sistemas políticos y sociales seguían intactos en cada territorio, sólo la defensa a ultranza del catolicismo daba el punto de uniformidad. Proyectos de centralización política como la «Unión de Armas» del Conde-Duque de Olivares tensionaron el modelo hasta producir la crisis de 1640, con la separación definitiva de Portugal y transitoriamente de Cataluña (hasta 1652).
El cambio de dinastía en 1700 a la Casa de Borbón hace que se replantee todo el sistema polisinodial, disminuyendo el papel de los Consejos a excepción del de Castilla. Las sucesivas reformas de la Hacienda, la Marina y la Política Americana hacen lo propio con los consejos temáticos. La Inquisición seguirá siendo un eficaz instrumento para el control de aquellos elementos que se oponían a la actuación de la Corona, pero permanecerá en manos de los elementos más reaccionarios. Los secretarios de despacho recogerán el testigo de los validos, y con su legitimidad asegurada, serán los elementos dinamizadores de la administración durante el siglo XVIII.