En 1897, el nuevo gobierno liberal encargó el mando al general Blanco. Inició una estrategia de conciliación para empujar a los separatistas a pactar una fórmula que mantuviera la soberanía española en la isla y evitase el conflicto con Estados Unidos. Se decretó la autonomía de Cuba, el sufragio universal masculino, la igualdad de derechos entre insulares y peninsulares y la autonomía arancelaria. Pero las reformas llegaron demasiado tarde: los independentistas, que contaban con el apoyo estadounidense, se negaron a aceptar el fin de las hostilidades, que fue unilateralmente declarado por el gobierno español.En 1896 se produjo una rebelión en las Islas Filipinas. La colonia había recibido una escasa inmigración española y contaba con una débil presencia militar. Los intereses económicos españoles se manténían por su producción de tabaco y por ser una puerta de intercambios comerciales con el continente asíático. El independentismo fraguó en la formación de la Liga Filipina, fundada por José Rizal en 1892, y en la organización clandestina Katipunan. La insurrección se extendíó por la provincia de Manila y el capitán general Camilo García Polavieja llevó a cabo una política represiva, condenando a muerte a Rizal. El nuevo gobierno liberal de 1897 nombró capitán general a Fernando Primo de Rivera, que promovíó una negociación indirecta con los principales jefes de la insurrección, dando como resultado una pacificación momentánea del archipiélago.Estados Unidos había fijado su expansión en el Caribe, en Hawai y Japón. El interés de Estados Unidos por Cuba había llevado a realizar diferentes proposiciones de compra de la isla, que España siempre había rechazado. El presidente McKinley mostró abiertamente su apoyo a los insurrectos, a los que enviaba armas por vía marítima.La ocasión para intervenir en la guerra la dio el incidente del acorazado estadounidense Maine, que estalló en el puerto de La Habana. Estados Unidos culpó falsamente a agentes españoles y exigía la retirada de Cuba. El gobierno español negó cualquier vinculación con el Maine y rechazó el ultimátum estadounidense. Amenazando con declarar la guerra en caso de invasión de la isla.Los dirigentes políticos españoles eran conscientes de la inferioridad militar, pero consideraron humillante la aceptación, del ultimátum. Comenzaba así la guerra hispano-norteamericana. Una escuadra mandada por el almirante Cervera partíó hacia Cuba, pero fue rápidamente derrotada en la batalla de Santiago. Estados Unidos derrotó igualmente otra escuadra española en Filipinas, en la batalla de Cavite. En 1898 se firmó la Paz de París donde España se comprometía a abandonar Cuba, Puerto Rico y Filipinas, que pasaron a ser un protectorado norteamericano. La derrota y la consiguiente pérdida de las colonias fueron conocidas en España como el «desastre del 98». Símbolo de la primera gran crisis del sistema político de la Restauración. Sus repercusiones inmediatas fueron menores de lo esperado. La guerra no comportó notables pérdidas materiales en la metrópoli. La necesidad de hacer frente a las deudas contraídas por la guerra cubana promovíó una reforma de la Hacienda, llevada a cabo por Fernández Villaverde con la finalidad de incrementar la recaudación a partir de un aumento de la presión fiscal. Algunos de los nuevos gobernantes intentaron aplicar a la política las ideas del regeneracionismo, una corriente muy crítica con el sistema político y la cultura española. La crisis política estimuló también el crecimiento de los movimientos nacionalistas, sobre todo en el País Vasco y Cataluña, donde se denunció la incapacidad de los partidos dinásticos para desarrollar una política renovadora y descentralizadora.La crisis del 98 fue fundamentalmente una crisis moral e ideológica, que causó un importante impacto psicológico entre la población.El fracaso de la revolución de 1868 había dejado una huella importante en los intelectuales progresistas, que consideraban que se había perdido una gran ocasión para modernizar el país. Era el sentimiento de un grupo de intelectuales reunidos en la Institución Libre de Enseñanza (1876), cuando muchos catedráticos abandonaron la universidad al no permitírseles la libertad de cátedra. La institución fue una gran impulsora de la reforma de la educación en España. Algunos intelectuales consideraban que la sociedad y la política españolas, no favorecían ni la modernización de la cultura ni el desarrollo de la ciencia. Esta corriente acabó conocíéndose como regeneracionismo (Joaquín Costa, mayor exponente).