El programa político de los Reyes Católicos tuvo tres principales objetivos: dominio peninsular, unidad religiosa y centralización del poder en la monarquía, todo ello de cara a su fortalecimiento. Concluida la Guerra de Sucesión en Castilla se llevaron a cabo una serie de reformas con el fin de imponer la autoridad de los monarcas sobre la nobleza e Iglesia. Respecto a la nobleza, mantuvieron su prestigio social y respetaron su poder económico, institucionalizando el mayorazgo en las Leyes de Toro, aprobadas en 1505, con lo que consolidó y aumento su poder económico, acaparando cargos, títulos y honores. Por lo que se refiere a la Iglesia, consolidaron sus privilegios jurisdiccionales. Aunque en ambos casos con total sumisión a la Corona. En Aragón la preeminencia del poder monárquico chocó con la gran influencia señorial y la tradición pactista en Cortes. En Cataluña fue mayor la resistencia, aunque el monarca consiguió limitar el poder de algunas de sus instituciones. La creación de la figura del Virrey para cada uno de los reinos permitíó al rey Fernando mantener representación.

Para implantar la solidez de la monarquía y de cara a la configuración del Estado Moderno, se tomaron varias medidas:

El consejo Real pasó a estar al servicio de la Corona. En Castilla actuaba como tribunal supremo del reino asesorando en política interna y externa. Además, surgieron los secretarios reales como enlace entre monarquía y consejos.

Las Cortes, perdieron parte de su peso político. Se reunían para nombrar un nuevo rey o cuando el monarca necesitaba más recursos financieros. En Aragón tenían mayor peso político. Se instituyó el virrey como representante del monarca (autoridad real)
Cuando este no estaba en el reino. En Aragón continuó la Justicia Mayor (arbitro entre rey y súbditos)

El poder real se consolidó en el ámbito local con la figura de los corregidores: delegados del orden real en ayuntamientos de pueblos y ciudades con funciones judiciales y políticas.

La creación de un ejército permanente en el que los nobles conservaron cargos, pero bajo el control del monarca. También se creó la Santa Hermandad para vigilar caminos y pueblos, garantizando el orden público.

Intentaron sanear Hacienda, a través del Consejo de Hacienda y funcionarios. Sus ingresos llegaban del comercio de la lana, las rentas de Órdenes militares (que pasaron a estar controladas por el monarca), donaciones de la Iglesia (Patronato Regio y Bula de Cruzada) e impuestos (alcabala).

Crearon un cuerpo de embajadores para asuntos diplomáticos. Para mejorar la política exterior concertaron el matrimonio de sus hijos herederos de Portugal, Inglaterra y el Imperio alemán.

Reorganizaron la justicia en las Audiencias y Chancillerías (Valladolid y Granada), intentando establecer una unificación y codificación de las leyes existentes (Ordenamiento de Montalvo y Leyes de Toro).

Principal elemento para la pretendida unificación de los Reyes Católicos fue la unidad en torno a la religión, una cuestión, por otra parte, acorde con el autoritarismo de los monarcas. Para conseguir esa unidad crearon el Tribunal de la Santa Inquisición para perseguir a falsos conversos. Este Tribunal tuvo problemas en Aragón (considerándolo al servicio del autoritarismo real). Se aumentó la presión sobre judíos hasta la orden de expulsión en 1492, la cual tuvo repercusiones negativas en todas las ciudades ya que los judíos cumplían papeles importantes en banca, comercio, administración, medicina… Aumentaron la presión sobre los mudéjares, dando lugar a campañas de conversión forzosa (por parte del cardenal Cisneros) que provocaron la sublevación de Las Alpujarras, sofocada por Fernando el Católico. Además, los reyes obtuvieron el Patronato Regio, pudiendo intervenir en el nombramiento de obispos y arzobispos.

La unificación territorial se consiguió con la conquista de Granada en 1492. La anexión de Navarra en 1512 supuso una ventaja en defensa contra Francia y Fernando obtuvo de la Santa Sede sus derechos soberanos.

Por lo que se refiere a Francia, los enfrentamientos fueron frecuentes. El Gran Capitán recupera Cerdeña y el Rosellón, Nápoles y Navarra, mientras que Francia conserva Milán.

En Italia mantuvieron Sicilia y Cerdeña y recuperaron Nápoles; y en el Norte de África el duque de Medina Sidonia ocupa Melilla, aparte de poseer Orán, Bugía, Trípoli (para frenar el avance musulmán). La ocupación de las islas Canarias, fue decisiva para el descubrimiento de América.

Los Reyes Católicos apoyaron el proyecto de Colón para buscar una ruta hacia las Indias orientales por el oeste (lejos del peligro turco), tras la firma de las Capitulaciones de Santa Fe. El éxito y por tanto la expansión castellana hacia el oeste y el descubrimiento de América en 1492 provocó de nuevo la tensión con el vecino reino de Portugal. Las disputas finalizaron con la firma del Tratado de Tordesillas, tras el fracaso de la bula Inter Caetera (bajo los auspicios del papa español Alejandro VI), que definía una línea de demarcación a 370 leguas al oeste de Cabo Verde lo cual dejaba bajo la expansión portuguesa una amplia zona del este de Sudamérica (Brasil).

Señálamos como principales conclusiones que el reinado de los Reyes Católicos sentó las bases administrativas de un Estado Moderno, forjándose la construcción de una monarquía autoritaria donde los monarcas se posicionaran por encima de los poderes feudales de nobleza e Iglesia.

Los Reyes Católicos se desplazaban de manera prácticamente continua por todo el territorio para impartir justicia y reforzar su autoridad, sin que establecieran una capital fija de los reinos, pero la sociedad siguió basándose en la desigualdad, las leyes proclamaban a la nobleza y al clero como los dos estamentos privilegiados frente a los plebeyos.

Esta tendencia al fortalecimiento del poder real tiene lugar también en otros reinos como Inglaterra o Francia, donde se está construyendo, de forma casi simultánea el Estado Moderno.

Por otra parte, la conquista de las islas Canarias y el descubrimiento de América trasladaron el eje de influencia del Mediterráneo al Atlántico, situando a los reinos peninsulares en el centro de los acontecimientos y convirtiéndose en una entidad política de primer orden.