El régimen jurídico de la expansión atlántica tenía por tanto dos frentes:-Los derechos de Portugal derivados de las concesiones pontificias.-Los derechos y obligaciones de Portugal y Castilla procedentes del tratado de Alcaçovas, con lo que la expedición descubridora debía atenerse a esas prescripciones y no penetrar a lo largo de su ruta en la zona reservada a los portugueses. A su regreso, Colon visita en Portugal al rey
Juan II, que le felicita del resultado pero entiende que según la capitulación que había entre los Reyes Católicos y él, aquella conquista le pertenecía. Esto movió a los Reyes Católicos a solicitar del papa otras bulas que clarificaran la legitimidad de lo descubierto, contrarrestando el contenido de los documentos portugueses. El resultado fueron cuatro bulas otorgadas por el papa Alejandro VI, con un contenido paralelo al de las portuguesas: -La inter cetera I es una bula de donación que recuerda que Colón, navegando “por las partes occidentales” ha descubierto islas y tierra firme, concediendo a Fernando e Isabel lo hallado. -La Eximie devotionis es una bula de concesión de privilegios. -La inter cetera II es una bula de demarcación y fija el reparto del mundo mediante una raya imaginaria trazada del polo ártico al antártico. -La bula Dudum siquidem concedió a Fernando e Isabel el dominio de las tierras en zonas “orientales”,  es decir, en la India o regiones próximas que se descubrieran navegando hacia occidente.

2. La integración de las Indias en la Corona de Castilla

Manteniendo la monarquía de los Reyes Católicos la estructura dual, de dos coronas, las Indias quedaron incorporadas a la de Castilla según consta en el testamento de la reina. Tal realidad contrasta sin embargo con algunos textos que mencionan a Fernando como copropietario. Esta cuestión ha sido objeto de tres explicaciones principales: –
Manzano defiende que los Reyes Católicos solicitaron al papa la concesión de las Indias a título personal, decidiendo asimismo que luego se incorporaran a sus sucesores en Castilla.-
Pérez-Embid defiende que los Reyes Católicos reciben de Alejandro VI, como reyes de Castilla, el derecho por partes iguales a las Indias, que sin embargo sólo se incorporan a la corona castellana con ocasión de las Cortes de Valladolid de 1518.-
García-Gallo opta por otra explicación bastante simple, y es que Castilla era la parte involucrada en la reclamación del rey portugués Juan II por la presunta transgresión del tratado de Alcaçovas, lo que explica que las Indias fueran incorporadas a esa Corona.

C) LA JUSTIFICACIÓN DE LA CONQUISTA Y EL PROBLEMA DE LOS “JUSTOS TÍTULOS”

Uno de los problemas que surgieron con la conquista de las Indias era la justificación de su conquista, que supuso la sumisión de los indígenas. Los inicios de esta revisión tienen que ver con la denuncia de los abusos de la conquista por el fraile Antonio de Montesinos. Los ecos de la denuncia producen un doble efecto: la convocatoria en Burgos al año siguiente de una junta de teólogos y juristas para discutir el problema y la sensibilización especial de determinadas personas.  La Junta de Burgos de 1512 reconoce que los indios son hombres libres, pero también su sometimiento a los reyes castellanos en virtud de las bulas. Se reconoce además que deben ser instruidos en la fe, que tengan casas y hacienda propia, y que trabajen a cambio de un salario conveniente. Surge así el llamado requerimiento, una declaración  que debe leerse a los indios ilustrándoles de la existencia de Dios, de cómo Jesucristo concedió el primado al papa, de cómo uno de los pontífices hizo donación de aquellas tierras a los reyes españoles y de que en consecuencia éstos son dueños de ellas. Cuando se celebró la Junta de Burgos se asistió a una polémica entre Sepúlveda-Las Casas.
Por un lado, Las Casas fue beligerante hasta el radicalismo en la defensa de los indios y en la censura de los métodos colonizadores. En cambio, Sepúlveda justificó la intervención española basándose en la idolatría, antropofagia y pecados contra natura de aquellas gentes.Es de destacar la justificación de la presencia española mediante los ocho títulos del Padre Vitoria:
-El primer título se basa en el derecho al libre tránsito y circulación por el orbe, que faculta a los españoles a permanecer allí.-El segundo consiste en la obligación impuesta a los cristianos de predicar el evangelio. -El tercero consiste en que si una vez convertidos esos infieles, sus príncipes les fuerzan a volver a la idolatría, los españoles se encontrarán legitimados para hacer la guerra y deponer a los gobernantes indígenas.-El cuarto faculta al papa a darles un príncipe cristiano y quitarles los otros señores infieles.-El quinto admite una legítima intervención de los españoles en el caso de existir un gobierno tiránico entre los indígenas.-El sexto remite a la elección voluntaria que los infieles pudieran hacer del rey de España como rey propio. -El séptimo contempla la posibilidad de que en las guerras justas que hubiera entre indios, una de las partes llame en su ayuda a los españoles. -El octavo supone de forma hipotética que los indígenas no tuvieran capacidad de gobernarse, siendo necesario que los españoles les gobiernen. Ante esta disparidad de interpretaciones, reinó así en los años siguientes cierto escepticismo sobre la posibilidad de arbitrar un acuerdo, lo grado al fin durante el reinado de Felipe II, hacia 1570.