El Incidente de Talambo y la Expedición Científica Española
En 1862, España organizó una expedición naval científica y diplomática que debía recorrer toda la costa americana, desde Río de Janeiro hasta San Francisco. La Escuadra española realizó su misión, llegando hasta California. De regreso, los buques pararon nuevamente en el Callao (a la ida también habían fondeado allí) y recibieron noticias de que en la hacienda de Talambo habían sido asesinados unos colonos españoles.
Para algunos historiadores, lo ocurrido fue una riña entre los colonos y los peones de la hacienda que pretendían apresar a uno de ellos que había sostenido un altercado con el propietario. Los ánimos se caldearon y, en medio de los disparos que intercambiaron ambos grupos, resultaron muertos un español y un peruano, quedando también varios heridos. Para otros autores, se trató de una reacción xenófoba en el contexto de un altercado contra colonos vascos recientemente llegados al lugar.
En esos días se sucedieron una serie de cambios en la representación diplomática española ante el Perú que dejaron como único representante al vicecónsul José Antonio Albistur Hurtado.
La Llegada de Eusebio Salazar y Mazarredo y la Ocupación de las Islas Chincha
Mientras la Escuadra abandonaba Callao y llegaba a Valparaíso, entró en escena Eusebio Salazar y Mazarredo, quien se ofreció para llevar la correspondencia oficial a España. De allí volvió a Lima con el cargo de Ministro de Su Majestad en Bolivia y Comisario Extraordinario para el Perú y solicitó una reunión con la autoridad competente del gobierno. El canciller Juan Antonio Ribeyro le indicó que la entrevista sería confidencial, pues no le reconocía el cargo de Comisario, a lo que Salazar respondió indignado que no aceptaba y se marchó al encuentro del almirante Luis Hernández-Pinzón Álvarez, Comandante General de la Escuadra del Pacífico.
Una vez reunidos, Salazar indicó al almirante que Perú no resolvería justamente el caso de los asesinatos de Talambo y que, además, el país se estaba armando. Aunque las órdenes principales dadas en Madrid indicaban:
fije V.S. [Salazar] altamente su intención en que la misión que el Gobierno de S.M. le confía es de paz: que el Gobierno quiere paz y buena inteligencia
Salazar entregó a Pinzón las instrucciones secundarias en las que el deseo de paz estaba condicionado por la resolución justa del caso de Talambo y en las que se afirmaba que quedaba justificado el uso de la fuerza en el caso extremo de atentado contra la seguridad de los barcos, su personal o el honor nacional. Aunque Pinzón solicitó el resto de órdenes, Salazar le indicó que no eran importantes. Así, el 14 de abril de 1864 la Escuadra ocupó las islas Chincha.
Cuando los buques acudieron al Callao a informar de la ocupación, se produjeron algunos incidentes al pedir protección a la Escuadra un barco español amarrado a puerto. Aunque la flota peruana encendió sus calderas, la artillería del puerto se preparó y la Escuadra tocó zafarrancho de combate, finalmente no ocurrió nada más.
El Tratado Vivanco-Pareja y la Revolución de Arequipa
Ante esta situación, el gobierno español decidió enviar varios buques para reforzar la Escuadra y el chileno negó cualquier abastecimiento a los barcos españoles.
El 24 de noviembre la Junta de Guerra peruana determinó la imposibilidad de vencer a la Escuadra con las fuerzas de que disponían. El 6 de diciembre el vicealmirante José Manuel Pareja llegó desde España para sustituir al almirante Pinzón y el 30 se realizó la primera conferencia entre Pareja y Vivanco, que culminaron con la redacción del Tratado Vivanco-Pareja. El documento establecía el intercambio de embajadores, el saludo a los respectivos pabellones, la reprobación oficial a Salazar, la desocupación de las islas Chincha y el pago a España de 3 millones de pesos como indemnización por los gastos causados.
El 2 de febrero de 1865 el Tratado era ratificado por el Presidente del Perú, Juan Antonio Pezet. El día 28 el coronel Mariano Ignacio Prado se levantó en armas, dando comienzo a la denominada Revolución de Arequipa que terminaría derrocando a Pezet, por haber firmado un tratado que se consideraba humillante para la nación, y alzando al poder a Prado como Jefe Supremo del Perú.
La Guerra con Chile y la Alianza Sudamericana
Mientras tanto, el vicealmirante Pareja presionaba a Chile para que levantara las restricciones impuestas a los buques españoles, una vez que recibió el cargo de Ministro plenipotenciario ante este país. Ante la negativa del gobierno de Santiago, declaró toda la costa chilena en estado de bloqueo el 24 de septiembre. Aunque, debido a los pocos buques españoles, éste se redujo a Coquimbo y Caldera. En respuesta a esta decisión, Chile declaró la guerra a España el día siguiente.
El 26 de noviembre la corbeta chilena Esmeralda capturó a la goleta española Virgen de Covadonga en lo que se conoció como combate de Papudo. Este hecho provocó el suicidio del vicealmirante Pareja.
El 12 de enero de 1866 Perú y Chile firmaron una alianza y declararon la guerra a España. Poco después, se unirían Ecuador (el 30 de enero) y Bolivia (el 22 de marzo), aunque sin participar activamente en la contienda.
El Combate de Abtao y el Bombardeo de Valparaíso
Entre el 7 y el 8 de febrero, las escuadras aliadas del Perú y Chile, con una postura defensiva, combatieron contra dos fragatas españolas en Abtao. Ante la imposibilidad de encontrar a la flota aliada para hundirla o capturarla, el nuevo Comandante General de la Escuadra, Casto Méndez Núñez, contra su voluntad, y en cumplimiento de las órdenes dadas por el gobierno español, bombardeó el puerto de Valparaíso. Éste estaba indefenso, por lo que el bombardeo fue duramente criticado. Terminada la acción, la Escuadra puso rumbo a la Isla San Lorenzo, en el Callao.
Al tener noticias de estos hechos y de la inminente llegada de la flota española, el gobierno peruano inició la construcción y reforzamiento de las defensas costeras del puerto, contando desde el principio con la entusiasta colaboración del pueblo.