El Reinado de Felipe II
Política Interior
La diferencia entre el Imperio español de Felipe II y el imperio universal de Carlos V no se basa en su extensión, sino en que España sería gobernada por un rey español residente en España y rodeado de consejeros españoles. Felipe II comenzó su reinado en 1556.
Felipe II acentuó los rasgos autoritarios de la monarquía y forzó al máximo la actividad de la Inquisición. Los conflictos más graves de su reinado fueron:
La Sublevación de los Moriscos en las Alpujarras
Se trataba de musulmanes bautizados que en la práctica continuaban sin incorporarse a la sociedad cristiana. Eran hombres humildes sin altos cargos, su peligro derivaba de su carácter de minoría no asimilada y asociada al peor enemigo de la España de la época, los turcos. Felipe II intentó terminar con este foco infiel y para ello promulgó un edicto en 1567 según el cual a los moriscos se les prohibía el uso de la lengua árabe, sus vestidos y costumbres. Esto provocó pequeñas violencias que desembocaron en el levantamiento en las Alpujarras, el cual se extendió rápidamente. Este levantamiento fue sofocado militarmente con la intervención de Don Juan de Austria y la población morisca fue dispersada por otras regiones. En 1609 se decretó la expulsión de los moriscos.
La Crisis Foral Aragonesa (1591)
El secretario personal de Felipe II, Antonio Pérez, indujo al rey a colocar un secretario de confianza a su hermanastro para poder vigilarlo, pero ante el temor de que descubriera lo que había hecho, asesinó a este secretario e intentó involucrar al rey en ello. Fue detenido, pero consiguió huir a Aragón y se acogió al derecho foral en calidad de hijo aragonés. Allí supo unir su causa con las libertades de Aragón y fue detenido por el Justicia Mayor del reino, quien se negó a entregarlo y le ayudó a huir a Francia. Felipe II envió un ejército que puso fin al problema y ejecutó al Justicia Mayor, poniendo de manifiesto el conflicto entre la legalidad foral y la voluntad de centralización del rey. Antonio Pérez contribuyó a desprestigiar a Felipe II. A esto hay que añadir la muerte de Don Carlos, heredero de Felipe II.
Política Exterior
Con el objetivo de afirmar la defensa del catolicismo y la supremacía de los Austrias en Europa, Felipe II tuvo que hacer frente a grandes problemas:
Conflictos con los Países Bajos
La Guerra de los Ochenta Años o Guerra de Flandes enfrentó a las Diecisiete Provincias de los Países Bajos contra su soberano, el rey de España (Felipe II), debido a la ausencia de poder de los nobles y a la persecución de los herejes, con el fin de conseguir la independencia. La rebelión empezó al estallar las dificultades con los iconoclastas en 1568. Felipe II juró castigarlos y envió al Duque de Alba con un ejército. Alba produjo el arresto y ejecución del Conde Egmont y de Hoorn, quienes fueron acusados de complicidad con los rebeldes, y derrotó al Príncipe de Orange y a su hermano, quienes habían invadido el país con mercenarios alemanes. Felipe II buscó soluciones con los nombramientos de Luis de Requesens, Juan de Austria y Alejandro Farnesio, quien consiguió el sometimiento de las provincias católicas del sur en la Unión de Arras. Ante esto, los protestantes formaron la Unión de Utrecht. En 1581, los representantes de las Provincias Unidas depusieron como rey de sus tierras a Felipe II y nombraron a Guillermo de Orange. El conflicto finalizó en 1648 con el reconocimiento de la independencia de las siete Provincias Unidas, hoy conocidas como Países Bajos («Holanda»). Los países que hoy se conocen como Bélgica y Luxemburgo formaban parte de las Diecisiete Provincias, pero permanecieron leales a la corona española. Para la corona española, la independencia de las Provincias Unidas representó una gran pérdida. El mantenimiento económico de la guerra durante un periodo tan prolongado contribuyó en gran parte a provocar las sucesivas bancarrotas de la corona española a lo largo de los siglos XVI y XVII, y al hundimiento de la economía de Castilla.
Anexión de Portugal
En 1581, la muerte sin sucesión del rey Sebastián I de Portugal dio a Felipe II, hijo de la princesa Isabel de Portugal, derechos sucesorios. No obstante, tuvo que enfrentarse con el prior de Ocrato, sobrino de Enrique, quien, apoyado por el pueblo, se proclamó rey en Santarém (1580), tras la muerte del monarca. Un ejército español, bajo el mando del duque de Alba, invadió Portugal (1580-1581), tomó Lisboa y derrotó en la batalla de Alcántara (agosto de 1580) al prior, quien se refugió en la corte de Francia. Felipe II se trasladó a Lisboa, y, en las cortes de Tomar (15 de abril de 1581), fue reconocido rey de Portugal; allí juró las condiciones en que había de reinar: unión personal de las dos coronas en su persona y respeto a las libertades portuguesas.
El Problema de los Turcos
El imperio turco amenazaba Italia, al mismo tiempo que las Islas Baleares. Por otra parte, la presencia de miles de habitantes de religión musulmana convirtió al peligro turco no solo en una amenaza exterior, sino también en un peligro interior, ya que se temía que los turcos ayudasen a encender una guerra civil en el sur de la península. Para destruir la flota otomana, Felipe II se alió con el papa Pío V y con la república de Venecia, una potencia marítima cuyos intereses comerciales en el Mediterráneo estaban seriamente amenazados. La batalla decisiva tuvo lugar en las aguas del golfo de Lepanto en 1571, en donde la flota turca fue destruida.
Inglaterra
Felipe II luchó contra la corona inglesa por motivos religiosos, por el apoyo que ofrecían a los rebeldes flamencos y por los problemas que suponían los corsarios ingleses que robaban la mercancía americana a los galeones españoles en la zona del Caribe. La ejecución de la reina católica de Escocia, María Estuardo, le decidió a enviar la llamada Armada Invencible en 1588, dirigida por el duque de Medina Sidonia, la cual fracasó debido sobre todo al mal temporal que hubo durante toda la expedición y la poca maniobrabilidad. El fracaso posibilitó una mayor libertad al comercio inglés y holandés, un mayor número de ataques a los puertos españoles y, asimismo, la colonización inglesa de Norteamérica.
Francia
La guerra se debió al deseo de posesión del norte de Italia de los dos países y por haber mostrado apoyo a los rebeldes flamencos. Los episodios definitivos de esta guerra fueron la batalla de San Quintín en 1557 y la batalla de Gravelinas. La paz se firmó en Cateau-Cambrais en 1559 y supuso el fin de la supremacía francesa sobre Italia. En este tratado de paz se convino la boda del rey Felipe II con la princesa francesa Isabel de Valois. Francia dejó de ser un enemigo importante en los últimos años del reinado debido a los enfrentamientos religiosos entre católicos y protestantes que se iniciaron en Francia y que derivaron en una auténtica guerra civil que se extendió hasta los primeros años del siglo XVII.