En 1897, tras el asesinato de Cánovas y el fracaso de Weyler, el nuevo gobierno liberal lo destituyó y encargó el mando al general Blanco. Inició una estrategia de conciliación y para ello decretó la autonomía de Cuba, el sufragio universal masculino, la autonomía arancelaria y la igualdad de derechos entre insulares y peninsulares. Sin embargo, las reformas llegaron tarde y los independentistas, que contaban con el apoyo estadounidense, se negaron a aceptarlas.
En 1896, paralelamente, se produjo una rebelión en la isla Filipinas. El independentismo fraguó en la formación de la Liga Filipina, fundada por José Rizal en 1892. La insurrección se extendió por la provincia de Manila y el capitán general Camilo García llevó a cabo una política represiva, condenando a muerte a Rizal.
El nuevo gobierno liberal de 1897 nombró capitán general a P.R., quien promovió una negociación dando pie a una pacificación momentánea del archipiélago, pacto de Bracnabato. El interés de Estados Unidos por Cuba había llevado a realizar diferentes propuestas de compra de la isla que España siempre había rechazado. A partir de 1895, el presidente McKinley mostró su apoyo a los insurrectos, a quienes les enviaba armas por vía marítima.
La ocasión para intervenir en la guerra la dio el incidente del acorazado estadounidense Maine, que estalló en La Habana en 1898. Estados Unidos culpó a agentes españoles y envió a España un ultimátum en el que se le exigía la retirada de Cuba. El gobierno español rechazó el ultimátum, amenazando con declarar la guerra en caso de invasión de la isla.
Los dirigentes políticos españoles eran conscientes de la inferioridad militar española, pero consideraban humillante la aceptación sin lucha. Comenzaba así la guerra hispano-norteamericana. Una escuadra mandada por el almirante Cervera partió hacia Cuba, pero fue rápidamente derrotada en la batalla de Santiago. Estados Unidos derrotó otra escuadra española en Filipinas (batalla de Cavite).
En diciembre de 1898 se firma la paz de París, por la cual España se compromete a abandonar Cuba, Filipinas, Puerto Rico y las islas de Guam, que pasarían a ser protectorado norteamericano. El ejército español regresó vencido y en condiciones lamentables.
A pesar de la envergadura de la crisis del 1898, sus repercusiones fueron menores de lo esperado. La necesidad de hacer frente a las deudas contraídas por la guerra cubana promovió una reforma de la Hacienda llevada a cabo por el ministro Villaverde. El sistema de la Restauración sobrevivió, asegurando la continuidad del turno dinástico.
La crisis política estimuló el crecimiento de los movimientos nacionalistas. Fue una crisis moral e ideológica que impactó psicológicamente en la población. La derrota significó la destrucción del mito del imperio español y la relegación de España a un papel de potencia secundaria en el contexto internacional. La prensa extranjera presentó a España como una nación moribunda, con un ejército ineficaz, un sistema político corrupto y unos políticos incompetentes.
En 1902, Tomás Estrada se convirtió en el primer presidente de la República de Cuba, aunque mediatizada por la intervención de Estados Unidos. Había que modernizar el país. Un grupo de intelectuales reunidos en la Institución de Libre Enseñanza abandonaron la universidad por no permitirles la libertad de cátedra. Esta corriente, que hablaba con insistencia de la regeneración de España, se conoció como regeneracionismo, cuyo mayor exponente fue Joaquín Costa.
La crisis del 98 agudizó la crítica regeneracionista. Estos defendían la necesidad de mejorar la situación de España y elevar el nivel educativo y cultural. Un grupo de literatos y pensadores, conocidos como la Generación del 98, intentaron analizar el problema de España. Pensaron que tras la pérdida de los restos del Imperio Español había llegado el momento de una regeneración social y cultural del país.
El desastre del 1898 significó el final del sistema de la Restauración y la aparición de una nueva generación de políticos, pensadores y científicos en el nuevo reinado de Alfonso XIII. La derrota militar tuvo también consecuencias en el ejército. Frente a un antimilitarismo, una parte de los militares se inclinó hacia posturas más autoritarias, atribuyendo la derrota a la ineficacia y corrupción de los políticos.
En 1923, P.R. dio un golpe de estado que inauguró una dictadura de 7 años y en el protagonizado por Franco en 1936 provocó una guerra civil y sumió a España en una dictadura militar de casi 40 años.
La política africanista emprendida por España hay que encuadrarla en tres ordenadas: el peso del 98, la tradición española en el norte de África y la rivalidad colonial anglo-francesa. La depresión moral del 98 provocó dos tendencias: republicanos y movimiento obrero, y regeneracionistas.
En el primer tercio del siglo XIX, la política española plantea a Marruecos como un problema. El problema se agudizó al estallar la guerra de 1859. El 22 de octubre, el congreso votó a favor de la declaración formal de la guerra. En esta declaración se indicaba que España no tenía intención de conquistar, sino de defender sus posesiones.
España obtuvo dos victorias en las batallas de Tetuán y Wad-Ras. Sin embargo, las condiciones del tratado de paz provocaron un profundo desencanto en la sociedad española, ya que no nos beneficiaban. El problema se complicó cuando Marruecos pasó a ser motivo de tensión entre las grandes potencias europeas, ya que el control del Estrecho es vital para el control de la navegación.
Hasta el tratado franco-español de 1812 no se realizó el reparto del territorio marroquí: centro sur francés, norte España. En 1909, las tropas españolas fueron derrotadas en el monte Gurugu y en el barranco del lobo. La repercusión de estos acontecimientos concluyó en los violentos sucesos de la Semana Trágica de Barcelona.
Entre 1912 y 1921, el ejército se mostró incapaz de dominar la zona norte. Finalmente, en 1921, el ejército español fue derrotado en Annual por indígenas marroquíes dirigidos por Abd-Krim. Murieron 1200 soldados y se perdió mucho territorio conquistado. La causa radicó en la imprudencia y la ineptitud de los generales Dámaso Berenguer y Fernández Silvestre, quien se suicidó tras el desastre.
El desastre del Annual supuso una nueva frustración para nuestro país y el expediente abierto por el general Picasso, donde se analizaban las causas del desastre del Annual, se convirtió en uno de los motivos argumentados por P.R. para justificar el golpe de Estado en 1925.