A la Guerra Civil se llega por la sublevación de un grupo de altos cargos militares que pretendían destruir por la fuerza la legitimidad de un sistema democrático. El triunfo del Frente Popular en Febrero de 1936 fue considerado una señal de alarma para algunos grupos sociales que se consideraron amenazados y por ello intentaron preparar una alternativa autoritaria al régimen constitucional. El golpe militar se inició con los planes del general Emilio Mola y con apoyo de milicias carlistas y falangistas el 17 de Julio de 1936, Melilla. Al día siguiente Franco voló de Canarias a Marruecos para tomar el mando del Ejército de África. Sanjurjo, que debía liderar la sublevación, murió en accidente de aviación volviendo de su exilio hacia España.  El alzamiento tuvo éxito en zonas agrarias, conservadoras. El alzamiento fracasó en la España más desarrollada e industrializada del este y del norte excepto Álava, en Castilla La Mancha, Extremadura y Andalucía oriental. En Madrid y Barcelona la sublevación también fracasó. Entre el 17 y el 20 de Julio fue evidente el fracaso del levantamiento militar, pero también la división del ejército, territorio y de los recursos económicos en dos bandos que acabaron enfrentándose en una Guerra Civil.
Desde la vista interna, existía el bando leal a la República (rojo) por los sublevados y en el que el protagonismo lo tenían las clases más populares ideológicamente influidas por el socialismo, el comunismo y el anarcosindicalismo. Por otra parte, el bando sublevado (nacional)
Un conjunto de militares conservadores, católicos y afiliados a partidos de la derecha que son apoyados e inspirados por el fascismo. Ambos bandos eran el reflejo de lucha entre fascismo, democracia y comunismo, como si España se hubiera adelantado al conflicto que todos temían a nivel mundial. Pero la guerra en España era un enfrentamiento armado entre viejos grupos dominantes de la España de la Restauración y los grupos emergentes que querían establecer un sistema democrático. Desde la vista internacional, ambos bandos reciben apoyos: a los nacionales les ayudan Alemania, Italia y Portugal; los republicanos reciben ayuda material de la Uníón Soviética y de las Brigadas Internacionales. Los países con regíMenes democráticos optaron por una política de neutralidad para evitar una guerra en Europa. Francia impulsó la creación de un Comité de No Intervención con sede en Londres para vigilar que los bandos españoles no recibiesen ayuda internacional (no venden ni permiten el paso de armas o suministros bélicos a España), aunque no consiguió evitar que los bandos recibiesen ayuda exterior. En Julio de 1936 comenzó la guerra tras un Golpe de Estado fallido. La reacción del gobierno republicano ante el alzamiento creó caos: el jefe de gobierno, Casares Quiroga, dimitíó la noche del 18 de Julio al no hacer nada ante los rumores insistentes de un golpe militar.
Azaña encargó el gobierno a Martínez Barrio pero dimitíó el día 19. Azaña nombró a José Giral, que entregó armas a las organizaciones políticas y sindicales fieles a la República, que se unieron al ejército.
El inicio de la guerra estuvo marcado en el bando nacional por la necesidad de pasar al Ejército sublevado desde África a la Península a primeros de Agosto, y eso fue posible gracias a la ayuda aeronaval prestada por los alemanes e italianos. Una vez aquí, estas columnas de legionarios acabaron con la resistencia en Badajoz y avanzaron por el valle del Tajo hasta llegar a Toledo , liberando el Alcázar, que estaba habitado por centenares de militares nacionales con mujeres y niños familiares suyos y de izquierdistas retenidos como rehenes. Esta acción sería importante para Franco, para ser elegido como jefe del alzamiento tras la desaparición de Sanjurjo. A finales de Septiembre fue nombrado Jefe del Estado y Generalísimo de los ejércitos. Las tropas nacionales también tomaron Irún, con lo que aislaron la zona norte (en manos de republicanos), de Francia. Por su parte los republicanos fracasaron en tomar Baleares y tampoco las capitales aragonesas. Pero los conservadores intentaron sobre todo forzar camino a Madrid, y debido a ello el gobierno republicano trasladó su sede a Valencia.

En Noviembre la entrada del ejército nacional parecía inminente pero la resistencia del pueblo de Madrid (con su famoso «No pasarán») y la llegada de las primeras ayudas (las Brigadas Internacionales y el primer material ruso) consiguieron que se abandonara el ataque directo a la ciudad.  

Fracasado el intento de entrar en la capital, los nacionales intentaron dos maniobras para aislar Madrid, que dependía de sus comunicaciones por el este: la batalla del Jarama y la de Guadalajara. A pesar de la ayuda italiana Franco no pudo derrotar a sus adversarios y optó por atacar en el frente norte. El ataque sobre el País Vasco contó con ayuda de aviación alemana y en él se ensayaron nuevas tácticas de guerra total como los bombardeos de poblaciones civiles indefensas en Durango y Guernica que luego se usarían en la II Guerra Mundial. El General Mola muere en un accidente aéreo en Junio del 37. A partir de esto se altera la relación de fuerzas de los dos bandos, ya que con la zona norte, la República perdía abundantes recursos industriales y mineros. Con la pérdida del norte, quedaba solo un frente, que iba desde los Pirineos hasta la costa malagueña. Para frenar una posible ofensiva nacional sobre Madrid, las fuerzas republicanas iniciaron en Diciembre del 37 una ofensiva sobre Teruel, ciudad que lograron recuperar y que perdieron en Febrero tras una lucha que les hizo perder la mitad de sus efectivos y un tercio de su equipamiento. El resultado facilitó a Franco empezar la campaña de Aragón que llegó hasta el Mediterráneo. El territorio republicano quedaba entonces dividido en dos zonas, una siendo Cataluña. Franco decide ir hacia Valencia, capital de la República, pero es detenido cuando el ejército republicano toma de nuevo la iniciativa y desencadena un gran ataque sobre el río Ebro. El 25 de Julio se inicia la batalla del Ebro, que dura tres meses y que deja al ejército republicano destruido. La República española se sentía totalmente abandonada por los representantes de las grandes potencias, ya que en Octubre de 1938 en la Conferencia de Múnich,  Francia e Inglaterra aceptaron la ocupación de los Sudetes por Hitler. Entonces, el gobierno republicano despide de su ejército a todos los voluntarios extranjeros en un gesto de buena voluntad para llegar a un compromiso de paz con Franco (se destacaba el carácter «doméstico» del conflicto, que debía solucionarse entre españoles). Pero la paz no llegó. En Febrero ya estaba ocupada toda Cataluña. El gobierno republicano abandonó España e Inglaterra y Francia reconocieron el gobierno de Franco. En Madrid, empezaron los enfrentamientos internos: el coronel Segismundo Casado dio un Golpe de Estado contra el gobierno republicano presidido por Juan Negrín con el fin de negociar con Franco el final de la guerra. Negrín y los comunistas pensaban que la única esperanza de salvar la república era resistir hasta que estallara una guerra europea contra el fascismo en la que España sería apoyada. Contra esta posición se levanta Casado con el objetivo de conseguir una «paz honrosa» y haciendo un llamamiento a la reconciliación. Franco no aceptó condición alguna y el 28 de Marzo entró en Madrid. En los días posteriores se ocupó la zona mediterránea y el l de Abril Franco firmó el último parte de guerra. Se abría así un largo período de dictadura en España. 

En la guerra se produjeron unas 800.000 víctimas. En la zona republicana fueron asesinadas personas derechistas, desarrollándose una represión descontrolada. En el bando sublevado se procedíó el asesinato y se prolongó tras el final de la misma. Con el final de la guerra no llegó la paz, sino la victoria. Parte de la población civil de la zona republicana tuvo que abandonar su hogar ante el avance de las tropas nacionales. Al final de la guerra, aproximadamente medio millón de españoles en retirada entraron en Francia. Una parte de estos refugiados inició un largo y penoso exilio. Unos 30.000 participaron de forma activa en la II Guerra Mundial contra los nazis. Algunos de ellos fueron detenidos por los alemanes y acabaron siendo fusilados o en campos de exterminio donde muchos murieron.