A la muerte de Isabel (1504), heredó la Corona de Castilla su hija Juana (“Juana la loca”), casada con Felipe (“Felipe el Hermoso”). Su prematura muerte y la enfermedad mental de Juana dieron el trono a su primogénito Carlos I (nacido en 1500), que también heredó la Corona de Aragón a la muerte de su abuelo Fernando el católico (1516). Poco después, en 1519, fallecíó su abuelo, el emperador Maximiliano, y Carlos fue elegido emperador con el nombre de Carlos V de Alemania. Con Carlos I comenzó la dinastía de la casa de Austria o de Habsburgo, que reinó hasta 1700. Carlos I tuvo que hacer frente a numerosos conflictos, tanto en el exterior como en el interior de España. En el exterior, la rebelión de los protestantes, el enfrentamiento contra los turcos y contra Francia son los hechos más destacados. En el interior, las revueltas de las Comunidades en Castilla y las Germánías en Valencia. En 1556, Carlos I abdicó en su hijo Felipe II, a quien cedíó la Corona y todos los territorios, salvo los dominios del archiducado de Austria y los derechos al título imperial, cedidos a su hermano Fernando. A diferencia de su padre, Felipe II fue un monarca dedicado a las cuestiones de su reino. Establecíó la capital en Madrid y mantuvo la defensa del catolicismo y, por tanto, la política y los enemigos en Europa de su padre.
Además, Felipe II incorporó Portugal a la Corona en 1580, haciendo valer sus derechos como hijo de Isabel de Portugal. Felipe III. Su política exterior ha sido calificada como pacifista por comparación con la actividad bélica de su padre, Felipe II, y de su hijo, Felipe IV. Las circunstancias que favorecieron esta situación fueron esencialmente dos: la muerte de Isabel I de Inglaterra que posibilitó la firma de la paz con ese país; la ruina financiera de la Corona que obligó a firmar con Holanda la Tregua de los Doce Años (1609-1621), ante la incapacidad de costear los gastos militares. Felipe IV. La política exterior estuvo orientada a recuperar el poderío español frente a otras potencias europeas. Su reinado estuvo condicionado por la Guerra de los Treinta Años. Esta guerra comenzó en 1618 por motivos religiosos en Alemania entre protestantes y católicos, pero acabó envolviendo a toda Europa en una intensa lucha por la hegemonía política. Dos motivos llevaron a la Monarquía española a implicarse en la guerra: la defensa de la religión católica frente al avance protestante; la necesidad de articular unos territorios tan dispersos. La paz de Wesfalia de 1648 puso fin a la guerra que tuvo para España dos consecuencias: el reconocimiento de la independencia definitiva de Holanda y la pérdida de la hegemonía en Europa en favor de Francia. España continuó su guerra en solitario contra Francia hasta la paz de los Pirineos de 1659, que confirmó el declive de la monarquía hispánica y supuso la cesión a Francia del Rosellón y la Cerdaña, la regíón del Artois y algunas otras ciudades flamencas.
Anexión de Portugal. En 1578 quedó vacante el trono portugués y Felipe II hizo valer sus derechos dinásticos. Los grupos dirigentes portugueses no veían mal la uníón que beneficiaba a Portugal tanto como a Castilla. Pero la candidatura española no era bien aceptada por las clases populares. En consecuencia, en 1580 se invadíó Portugal que en pocas semanas alcanzó Lisboa, sin apenas resistencia. Felipe II fue reconocido rey de Portugal, tras jurar que respetaría sus instituciones, sus leyes y su sistema monetario, permaneciendo tres años en Lisboa. Guerra contra los Turcos. El problema turco se recrudecíó con Felipe II cuyo reinado coincidíó con el de mayor esplendor bajo el sultán Solimán el Magnífico. La idea de la unidad religiosa marcó la política de Felipe II. No dudó en intervenir ante la amenaza turcas en las costas mediterráneas. Los Estados cristianos crearon la Liga Santa (Santa Sede, Venecia y España) y reunieron una gran escuadra mandada por Juan de Austria (hijo natural de Carlos V). Felipe II vencíó a los turcos en la Batalla de Lepanto (1571) que supuso el fin del poderío turco en el Mediterráneo. Flandes. El mantenimiento de la lucha contra los protestantes llevó a Felipe II al enfrentamiento contra sus súbditos de los Países Bajos, Holanda especialmente, y con Inglaterra, que los apoyaba. La rebelión en los Países Bajos será el mayor de los problemas políticos y militares de su reinado.
En 1579 el sur de los Países Bajos, católico, aceptó la obediencia a Felipe II, pero el norte, las futuras provincias unidas de Holanda, calvinistas, continuaron la lucha por la independencia. Inglaterra. Las causas de este enfrentamiento hay que buscarlas en el interés de ambos reinos por el dominio de los mares. Inglaterra y Francia habían rechazado las bulas papales y el Tratado de Tordesillas que daban el monopolio de la explotación del continente a españoles y portugueses. Inglaterra, además, se había puesto del lado de los protestantes. Piratas ingleses obstaculizaban el tráfico de mercancías desde América, etc. Pero lo que rompíó las hostilidades fue el apoyo de la reina Isabel I (protestante) a los rebeldes flamencos y holandeses. En 1588, para asegurar su posición en Flandes, Felipe II envía la Armada Invencible que cae derrotada. Francia. Se enfrentó con Francia por el control de Italia (Nápoles y el Milanesado). Guerra en Italia y en Francia donde los españoles ganan en la batalla de San Quintín (1557). Después Felipe II casa con la princesa francesa Isabel de Valois (hija del rey francés Enrique II). En memoria de esta victoria Felipe II mandó construir el monasterio de San Lorenzo de El Escorial.
En 1700 muere Carlos II sin sucesión y la sucesión se la disputan Francia, que reivindica los derechos legítimos de Felipe de Anjou, nieto de María Teresa (hija de Felipe IV y, por tanto, hermana de Carlos II), casada con Luis XIV de Francia. La otra nacíón que se disputa el trono es Austria que pone como candidato al archiduque Carlos de Habsburgo, hijo del emperador de Austria Leopoldo I, casado con Margarita Teresa (hermana de Carlos II). El testamento de Carlos II designaba como sucesor a Felipe de Anjou, que fue proclamado rey bajo el título de Felipe V (1700-1746). Este nombramiento fue considerado como un desafío por Austria e Inglaterra, ya que rompía el equilibrio de poderes, al situar a Francia en una posición de privilegio, pues fortalecía el poder de los Borbones en Europa y, rápidamente, Inglaterra, Holanda y Portugal declararon su apoyo al candidato austriaco y entraron en guerra contra Francia y España. De esta manera, la sucesión al trono español pasó de ser un conflicto interno a una guerra europea. La guerra finalizó con la Paz de Utrecht (1713) que reconocía a Felipe V como rey de España y de las Indias, renunciando a cambio a sus derechos sobre la corona francesa. España cedía a Austria sus dominios de Nápoles, Cerdeña, Toscana, Bélgica y el Milanesado. Sicilia, a la casa de Saboyá; y Gibraltar (1704) y Menorca (1708), a Inglaterra. Además, concedía a los ingleses ciertos privilegios comerciales en América: el llamado “Asiento de negros” por el que Inglaterra conseguía durante 33 años el monopolio para la venta de esclavos negros a las colonias españolas; y también le concedía el llamado “Navío de permiso” por el que la Corona castellana autorizaba que, una vez al año, una nave inglesa transportara mercancías a América. Además, en el interior de España la cuestión sucesoria también había dividido a los territorios peninsulares dando comienzo una Guerra Civil en 1705. Castilla se mostró partidaria de Felipe V, a excepción de la gran nobleza porque entendían que podían perder influencia con el absolutismo monárquico.
en la Corona de Aragón, especialmente en Valencia y Cataluña, se apoyó al candidato austriaco (Pacto de Génova) por miedo a la pérdida de sus instituciones ante el afán centralizador de los Borbones. Los motivos de este apoyo, además, estaban relacionados con el mal recuerdo dejado por las tropas francesas en Cataluña durante el levantamiento de 1640. Tras la Paz de Utrecht, sólo Barcelona y algunas otras ciudades de Cataluña se resistieron a la ocupación borbónica, iniciándose un sitio de catorce meses a la ciudad. El 11 de Septiembre de 1714, las tropas de Felipe V tomaron Barcelona y en 1715 tomaron Mallorca. El resultado militar para España fue de gran importancia: en 1707 las libertades de Valencia quedaron abolidas, sus fueros dejaron de defenderlas, es lo que se conoce como Decretos de Nueva Planta, que significaría el fin de su autogobierno y el centralismo político. Ocurríó lo mismo en Aragón en 1711, Mallorca 1715 y en Cataluña en 1716. A excepción del País Vasco y Navarra, leales a Felipe V, toda España quedó unificada políticamente. Nuevo modelo de administración territorial, basado en la siguiente estructura: división del territorio en provincias; sustitución de los Virreyes por los Capitanes Generales como gobernadores políticos de las provincias; las Reales Audiencias se mantienen para las cuestiones judiciales; y siguiendo el modelo francés, se creó la figura de los Intendentes, funcionarios encargados de las cuestiones económicas. Finalmente, en los Ayuntamientos se mantuvieron los cargos de Corregidor, Alcalde Mayor y Síndicos personeros del común (elegidos por el pueblo para su defensa).